2014년 2월 신라젠은 BW(신주인수권부사채) 발행을 이사회에서 의결하고 3월 4일에 문 대표와 그의 처남, 최대주주, 외삼촌 등 4명이 350억원에 인수를 하였다. 문제는 자금조달인데 (주)크래스트파트너 라는 페이퍼컴퍼니를 설립하여 동부증권으로부터 350억원을 빌려 그 회사가 4명에게 빌려주고 4명은 그 돈을 신라젠에 인수대금으로 납입하고 신라젠은 다시 350억을 페이퍼컴퍼니에 빌려줘서 동부증권으로부터 빌린 350억원을 갚을 수 있게 하였다. 이 모든 일련의 과정이 3월 4일 하루에 이뤄졌다.
2014년 3월 14일 미국 제네렉스 회사를 인수하였고 팩사벡이라는 면역항암제 개발과 관련된 회사였다. 이후 바이오 회사가 되었다.
정확히 1년 후인 2015년 3월 4일에는 BW를 상환하는데 4명이 조기상환청구권을 행사하여 받은 350억을 1년전에 페이퍼컴퍼니로부터 빌린 350억을 갚았고 페이퍼컴퍼니는 그 돈을 다시 1년 전에 신라젠으로부터 빌린 350억을 갚았다. 이 역시 하룻만에 이뤄졌다.
과세관청은 이러한 자금조달이 신주인수권이라는 과실만을 챙기기 위한 것으로 보았다. 실제 문 대표는 2015년 12월에 160억에 해당되는 신주인수권을 행사하여 457여만주를 발행받았다. 1년 뒤 신라젠은 코스닥에 상장되었고 2017년 12월에 156만주를 처분하여 1,325억원의 이익을 거뒀다.
과세관청은 2015년 12월의 신주인수권 행사이익은 신라젠과 대표 사이에 특수관계가 있으므로 증여이익에 해당되어 증여세 납세의무가 성립되는 걸로 판단하였다(당시 상증세법 제42조 제1항 제3호)
2017년 6월 세무조사를 거쳐서 2018년 1월에 문대표에게 증여세 494억원을 고지하였다. 문대표는 세무조사 도중 자신의 고교동문인 기재부 김 국장에게 전화해서 세무조사의 부당성을 말했고 김국장은 세법질의신청을 하라고 알려줬다. 그해 2018년 3월 20일 김국장은 세정실장이 되었고 10일만에 예규심의위원회를 열어서 거래상대방을 회사가 아닌 주주로 보고 주주와 대표 사이에는 특수관계가 없기 때문에 정당한 사유가 없는 한 과세하지 못한다는 의결을 하였다. 그리고 이 예규를 수령해서 사건을 잘 판단해달라는 요청을 조세심판원 국과장 및 담당사무관에게 전화로 하였다. 이미 문대표는 증여세 불복을 조세심판원에 해놓았다.
그러나 기대와는 달리 그해 11월에 심판원은 기각결정을 내렸다. 과세처분이 정당하다는 것이다. 회사와 대표사이에는 특수관계가 있으므로 증여세 과세는 정당하다는 결론이었다. 증여이익 판단은 회사를 거래상대방으로 봐야하지 주주를 상대방으로 봐야 하는 게 아니라는 전제였다.
세제실장인 김 실장의 행위가 구설수를 타서 감사원에 감사청구가 들어갔고 2019년 3월에 15일간 감사를 통해 사실로 확인되어 그해 6월에 감사위원회 의결을 거쳐 징계요구 처분이 내려졌다. 기재부는 반발하여 그해 7월에 재심의해줄 것을 요청했지만 9월에 감사원은 이를 기각했고 그러자 기재부는 10월 25일에 김 실장을 의원면직 하였다.
이로써 사건은 일단락 되었다. 신라젠 주위에는 구설수가 많이 오르내리는 사람들이 존재할 수밖에 없는 것이 비정상적인 행위들로 이익을 내는 의문들이 있기 때문이다. 실체가 밝혀지면 관련자들을 알 수 있을 것이고 그들이 이익을 얻은 것에 대해서는 세금이 과세되어야 할 것이다.